Ponorka vyplávala z argentínskej základne Ushuaia na Ohňovej zemi smerom na sever do Mar del Plata. Personál tvorila aj prvá žena-námorníčka v dejinách Argentíny, Eliana Maria Krawczyková. Počas plavby sa však muselo v plavidle niečo stať, pri poslednom spojení bola ohlásená havária. Nasledovala silná podmorská explózia, ktorú zachytili meracie stanice na pobreží len krátko potom, ako sa prerušilo s posádkou rádiové spojenie.
Český web Lidovky pripomína, že poslednou správou z ponorky bolo hlásenie veliteľa, že “morská voda sa dostala do systému ventilácie k batériám č.3 a spôsobila skrat a následný požiar”. Ponorka však podľa slov veliteľa ďalej pokračovala v ponorenej plavbe s oddeleným okruhom, až potom sa stratil kontakt so základňou.
Odvtedy začalo dlhé pátranie po zvyškoch ponorky, ale hlavne po ľuďoch v jej vnútri. Zapojené boli dve desiatky lodí, niekoľko lietadiel a viac ako štyri tisícky ľudí s viacerých krajín, vrátane USA a Ruska, spolu s najmodernejšou technikou. Postupne prichádzali predbežné informácie, ako pátranie postupuje a čo nové sa podarilo nájsť. Argentínska vláda sľúbila odmenu 5 miliónov dolárov za nájdenie vraku ponorky.
Najnovším zistením na konci septembra bolo oznámenie argentínskeho ministra obrany Oscara Aguada, že bol zaznamenaný “dôležitý signál” z oceánskej hĺbky asi 280 metrov, ktorý môže byť spojený práve s ponorkou San Juan, a na dané miesto boli ihneď vyslané prístroje riadené na diaľku. (viac TU).
Ale predtým sa objavili aj iné prekvapujúce správy v argentínskych médiách. Argentínska vláda poverila expertov, aby preskúmali všetko, čo sa týka techniky a údržby v súvislosti s ponorkou San Juan. Argentínsky prezident Mauricio Macri sa od expertov dozvedel, že za vlády prezidenta Kirchnera sa v roku 2007 a neskôr aj v rokoch 2011 až 2014 konali na ponorke komplexné technické revízie a reparatúry, ktoré robili dve nemecké firmy. Vymenilo sa 964 batérií, pričom na jednom mieste bol narezaný aj trup ponorky.
Argentínski experti nadobudli oprávnené podozrenie, že práce neboli urobené dôsledne a že pritom tiekli aj značné úplatky zo strany Nemcov do vrecka argentínskych obchodných partnerov. Argentína zaplatila nemeckým firmám za tieto práce 5,1 milión eur. (viac TU).
Ponorka San Juan s dĺžkou 60 metrov a šírkou 7 metrov vyrobená v roku 1983 v Nemecku patrila do triedy TR-1700 dieselelektrických útočných ponoriek, takže vo vybavení mala aj tubusy pre torpéda, no tie nepoužívala a ani sa nezúčastnila riadnej vojenskej bitky. Pohon tvorili štyri dieselové motory, štyri generátory a jeden elektromotor.