Fáza 0 podľa plánu nastáva po vyhlásení pandémie Svetovou zdravotníckou organizáciou. V prípade COVID-19 ju vyhlásila v marci tohto roku. Počas nej má Úrad verejného zdravotníctva SR navrhnúť vyhlásenie mimoriadnej situácie, ktorá je v SR tiež už od marca. Fáza 1, v ktorej sa Slovensko aktuálne nachádza, nastupuje pri zhoršovaní epidemiologickej situácie, pri náraste počtu infikovaných a hospitalizovaných osôb. Nastúpiť majú policajné kontroly na hranici v blízkosti ohniska nákazy na území susedného štátu.
Fáza 1 hovorí aj o uzatváraní lokalít s ohniskom nákazy, kde treba zabezpečiť núdzové zásobovanie, verejný poriadok a bezpečnosť, tiež ambulantnú starostlivosť. Zároveň možno urobiť opatrenia v prípade dopravy, dezinfikovať napríklad MHD či ambulancie. Má sa tiež pripraviť návrh na zabezpečenie pandemickej vakcíny pre Slovensko.
Pri ďalšom zhoršení epidemiologickej situácie nastupuje fáza 2. Nastane, keď bude naplnenosť lôžkového fondu infekčných kliník a oddelení viac ako 50 percent a budú vznikať ohniská nákazy. Okrem uzatvárania lokalít s ohniskom nákazy sa majú vydať lokálne protiepidemické opatrenia v prípade uzatvárania prevádzok a zákazu organizovania verejných podujatí. Okrem toho sa majú zabezpečiť ubytovacie kapacity v zariadeniach určených na izoláciu, vzniknú antikonfliktné tímy.
Fáza 2 hovorí aj o aktivácii e-karantény, majú sa pripraviť opatrenia na možné obnovenie dočasných kontrol na určených vnútorných hraniciach SR v prípade masívneho rozšírenia ochorení COVID-19 na územiach susedných štátov. Plán počíta aj s transportom slovenských občanov na Slovensko z okolitých letísk. Majú sa zatvoriť školy a pristúpiť k náhradným vyučovacím procesom. Zabezpečená má byť starostlivosť o klientov v zariadeniach sociálnych služieb, ktorí nemôžu byť v domácom prostredí. Minister zdravotníctva má dať príkaz vybraným nemocniciam na vyčlenenie lôžok pre chorých pacientov. V tejto fáze sa majú riešiť aj mzdové dosahy na ľudí v izolácii či otázka platenia poistného na sociálne poistenie a podpory v nezamestnanosti.
V prípade ďalšieho zhoršenia epidemiologickej situácie a nárastu počtu infikovaných sa začne s realizáciou fázy 3. Na Slovensku by sa opätovne vyhlásil núdzový stav. Má sa pokračovať už v prijatých opatreniach z druhej fázy. Pokračovať sa má v dezinfekcii miest s hromadným výskytom ľudí. Pribudnúť majú dezinfekcie komunikácií a chodníkov, najmä tých v okolí uzavretých miest karantény. Dohliadnuť sa má napríklad aj na chod odpadového hospodárstva.
V rámci tejto fázy sa počíta s naplnenosťou lôžkového fondu infekčných kliník a oddelení na viac ako 75 percent, rovnako úbytkom zdravotníkov z dôvodu nákazy od chorých ľudí. Povinnosť vyčleniť lôžka pre pacientov by v takomto prípade platila aj pre ďalšie nemocnice. Ohniská nákazy by sa naďalej uzatvárali do karantény.
V pandemickom pláne je zadefinovaná aj štvrtá fáza, ktorá hovorí o postupnom návrate do tzv. medzipandemického obdobia a rušení mimoriadnych opatrení. Núdzový stav by sa odvolal.
Súčasťou pandemického plánu sú aj tzv. semafory pre potrebu zavádzania celoplošných opatrení, pre zariadenia sociálnych služieb, pre zariadenia primárnej zdravotnej starostlivosti a nemocnice. Podľa týchto semaforov sa budú reprofilizovať zdravotnícke zariadenia počas ďalšieho nástupu pandémie. V prípade celoplošných opatrení semafor určuje, kedy sa pri ďalšom zhoršovaní situácie majú využívať opatrenia ako zákaz hromadných podujatí, obmedzenie prevádzok a služieb, zastavenie školskej dochádzky, povinnosť nosenia rúšok aj v exteriéroch či zavedenie práce z domu.