Prvým dôvodom je uchovanie chrámového poriadku a pokoja pri bohoslužbách, ktoré sú narúšané turistami smerujúcimi a zaujímajúcimi sa o kryptu uhorského veľmoža.
Ďalším dôvod dáva samotná katedrála. Chrám bol postavený na mieste starého pôvodného kostola sv. Alžbety. Košice boli jedným z najvýznamnejších pútnických miest stredovekej Európy , ktoré spájalo kresťanský západ a kresťanský východ. Vďaka eucharistickému zázraku, ktorý sa stal za panovania Ľudovíta I. Veľkého (1342 – 1382) v starom, pôvodnom kostole sv. Alžbety.
Vtedy neopatrný kňaz pri svätej omši rozlial na korporál – biele plátno, ktoré sa používa pri slávení svätej omše, konsekrované víno, čiže Svätú krv, kde sa nevysvetliteľne, bez ľudského pričinenia, vytvoril obraz Kristovej tváre. Miesto aj zázrak potvrdzuje odpustková bula pre Košice z roku 1402, vydaná rímskym pápežom Bonifácom IX. (1389-1404), vďaka čomu boli Košice postavené na úroveň frekventovaných a významných pútnických lokalít ako Benátky a Assisi. K relikviám Svätej krvi prichádzali do Košíc tisícky pútnikov a často aj uhorskí panovníci, medzi nimi Žigmund Luxemburský a Matej Korvín. Tieto fakty podnietili veľkosť a charakter stavby najväčšej slovenskej katedrály, ktorá je zároveň najvýchodnejšou v Európe – Dómu sv. Alžbety. V roku 1390 pôvodný starý kostol vyhorel a nový, čiže dnešný Dóm, začali stavať s tým, že vzácna relikvia bude práve tam. Päťloďová katedrála sa v tej dobe pre niekoľkotisícové opevnené mesto, ktorým Košice boli, zdala priveľká. Lenže stavitelia mysleli práve na pútnikov.
Viac než kamenný chrám, viac ako katedrála – bola to matka duchovného života, prinajmenšom severovýchodnej časti stredovekého Uhorska, Tu sa verilo, že toto miesto je zázračné a tradovalo sa, že ľudia, ktorí sem prichádzali, odtiaľto odchádzali akoby vymenení, lepší. Košice tak boli kedysi veľmi duchovné miesto, a súčasnou snahou veriacich je aby mohli byť v mnohom príkladom aj pre súčasnosť. Ľudia, tu nehľadali nejakú primitívnu pútnickú zbožnosť, ale vnútorné obrátenie. K tomuto smeruje aj pastorácia v modernej dobe na všetkých pútnických miestach po celom svete, že človek sa má obrátiť vnútorne tak, ako to chce Kristus, autenticky. Dôležité skutočne nebolo vidieť nejakú relikviu, kryptu alebo hrobku.
Historická kontroverznosť umiestnenia hrobky Františka II Rákocziho a jeho druhov v katedrále však spočíva nielen v jeho buričskom živote.
Menej poukazovaným faktom je, že vzácna relikvia ani obal, v ktorom bola uložená, sa nezachovali. Predpokladá sa, totiž že boli zničené počas Tökölyho povstania koncom 17. storočia. Povstalci boli protestanti, často kalvíni, ktorí neuznávali relikvie. Preto ich zrejme zlikvidovali. Matka Františka II Rákocziho – Helena Zrínska , bola z významnej chorvátskej rodiny. Po smrti Františka I. Rákócziho sa druhýkrát vydala práve za buriča Imricha Tököliho (1657 – 1705). Zúčastnila sa jeho odboja, nasledovala svojho manžela do tureckého exilu. Imrich Tököli – nevlastný otec Františka II Rákocziho , bohatý kežmarský magnát sa stal kráľom „Horného Uhorska“ – teda východného Slovenska, ako vazal Osmanskej ríše . Počas výpravy osmanskej armády proti Viedni v roku 1683 Imrich Tököli rozšíril svoj štát smerom na východ skoro na celé Slovensko, ale porážka Turkov znamenala aj rýchly koniec jeho moci. Imrich Tököli bol v tejto súvislosti prezývaný osmanmi Kráľ stredného Uhorska.
Paradoxom tak teda ostáva, prenesenie telesných pozostatkov Františka II Rákocziho a jeho druhov, z hrobky v Carihrade presnejšie v Rodošte v roku 1906, a ich umiestnenie práve do najväčšej katolíckej katedrály , ako cieľu predchádzajúcej nenávisti práve protestantov a kalvínov, za ktorých bojoval jeho nevlastný otec. Takisto samotný František II Rákoczi bol síce tolerantný a blahovoľný k iným vyznaniam ale svojou nenávisťou sa pričinil k odstráneniu otcov jezuitov z Uhorska. A na pováženie samozrejme sú aj nadštandardne priateľské vzťahy obidvoch magnátov s osmanmi.
Karol Jerguš