Gauliedera v noci z 24. na 25. marca zrazil vlak a v súvislosti s prípadom sa vynorili rôzne dohady. Vyšetrovanie však nepotvrdilo, že by mohlo ísť smrť zapríčinenú ďalšou osobou. Potvrdila to Renáta Čuháková, hovorkyňa krajskej polície v Nitre. “Trestné konanie vo veci trestného činu obmedzovania osobnej slobody naďalej prebieha,” povedala Čuháková denníku SME.
Viaceré indície naznačujú, že Gauliedera mal niekto vylákať na stretnutie, podať mu omamnú látku a potom ho hodiť pod vlak. Polícia udalosť nevyšetrovala len ako usmrtenie, ale aj ako obmedzovanie osobnej slobody. Aj napriek tomu, že polícia vraždu vylúčila, vyšetrovanie vo veci možného únosu stále pokračuje. Zosnulý mal v čase v tele liek Tramadol – narkotické analgetikum, ktoré sa používa na zmiernenie bolesti. Tramadol je v lekárňach dostupný len na lekársky predpis a môže ovplyvniť vnímanie človeka. Zatiaľ však nie je jasné, v akom množstve ho Gaulieder užil. Polícia našla i jeho auto s osobnými dokladmi odstavené medzi Trnovcom nad Váhom a Šaľou.
Gauliederova rodina odmieta, že by spáchal samovraždu. V minulosti sa Gauliederovi viackrát vyhrážali. Našiel si nábojnice v schránke a niekto mu cez plot prehodil mŕtvu mačku. 13. júna Gauliederova manželka, Zuzana Gauliederová, vyjadrila znepokojenie nad vyšetrovaním. Manželka samovraždu svojho manžela odmieta: „Som šokovaná postupom polície a vyšetrovania smrti svojho manžela, keďže nevedia uzavrieť vyšetrovanie tohto prípadu. Samovraždu absolútne vylučujem“. Podľa nej a rodinného advokáta Jána Foltána sa vyšetrovanie uberá smerom, ktorý, podľa Foltána, „Tlačí sa na jeho samovraždu“. Vyšetrovateľ prizval znalca, ktorý má spätne zistiť či mohol Gaulieder samovraždu spáchať a akú by mal k nej motiváciu.
Verejný život Františka Gauliedera
František Gaulieder sa po končení kariéry vo veľkej politike stal bezpečnostným pracovníkom Slovenských telekomunikácií. V súčasnosti pôsobil ako nezávislý poslanec v mestskom zastupiteľstve v Galante. Z tejto pozície poukazoval na netransparentné výberové konanie na výber dodávateľa rekonštrukcie časti galantského kaštieľa a priľahlého parku. V tejto súvislosti pán Gaulieder kritizoval aj predražený nákup lavičiek a kandelábrov verejného osvetlenia, ktoré mali byť pôvodne kovové, avšak dodávateľ do parku inštaloval stĺpy z umelej hmoty. Rekonštrukcia bola financovaná z eurofondov a na základe zistených nedostatkov muselo mesto Galanta zaplatiť pokutu vo výške 445 tisíc eur.
František Gaulieder sa v roku 1989 zapojil do aktivít revolučného hnutia VPN. Neskôr sa stal členom HZDS, za tento subjekt bol opakovane zvolený za poslanca NR SR. Keď sa v roku 1996 začal zásadne rozchádzať s politikou Vladimíra Mečiara, vtedajšia vládna koalícia ho protiústavne vylúčila z parlamentu. Gaulieder a jeho rodina boli následne nezákonne rozpracovaní Slovenskou informačnou službou. Za dosiaľ nevysvetlených okolností v roku 1997 pri rodinnom dome Gauliederovcov vybuchol granát. Viaceré indície naznačovali, že tento útok v spolupráci s podsvetím zosnovala spravodajská služba.